La Fundación Manatí fue creada en 1996 con el nombre original de Fundación Salvemos al Manatí de Costa Rica por un grupo de costarricenses interesados en promover el estudio y la conservación de este mamífero acuático. El origen de la Fundación se sitúa en la comunidad de Tortuguero, la cual da nombre a uno de los parques nacionales más conocidos de Costa Rica. Tortuguero es un excelente ejemplo de cómo una comunidad alejada de los centros económicos pudo mejorar notoriamente su nivel de vida con la creación de un área protegida a su lado. Actualmente el ecoturismo se ha convertido en la principal fuente de ingresos de la zona. Dicho turismo se ha basado tradicionalmente en la observación de la anidación de tortugas verdes en las playas situadas dentro del Parque Nacional Tortuguero, el principal lugar de puesta de este reptil en todo el Caribe. El indudable atractivo del desove de las tortugas ha hecho que a menudo tanto los visitantes como los gestores del área protegida centren gran parte de su atención en la playa, dejando de lado los humedales y los bosques lluviosos que definen el paisaje de la reserva y el noreste de Costa Rica. Fernando y Lily Figuls, como dueños de un pequeño hotel en la comunidad y principales promotores de la Fundación en su origen, percibieron esta falta de atención a los bosques y humedales locales y sobre todo a uno de sus habitantes más carismáticos: el manatí.

Parque Nacional Tortugero, Costa Rica

En 1996 dos grupos de investigadores - uno centrado en la universidad de Berkeley y el otro en la Universidad Nacional de Costa Rica - comenzaron de manera simultánea sendos estudios destinados a determinar la situación de la población de manatíes que habitaba en la región de Tortuguero. Hasta entonces sólo existían rumores de la existencia de la especie en el ámbito local, mientras que en los círculos científicos costarricenses se daba a la especie como extinta en el país. Dichos estudios constituyeron las primeras actividades apoyadas por la Fundación. A través de esos estudios se descubrió que todavía existía una población viable de manatíes en Costa Rica (en realidad se trata de dos poblaciones separadas, tal y como se explica en la sección Investigación) y que el principal núcleo se encontraba en el noreste del país, en el interior y alrededores del Parque Nacional Tortuguero.

En el año 2000 los biólogos vinculados a la Universidad Nacional que estaban realizando estudios y actividades relacionados con la conservación de la especie en Costa Rica y la vecina Nicaragua pasaron a formar parte de la Fundación. De este modo, al grupo fundador se le unieron los principales científicos trabajando con manatíes en el país. Actualmente la Fundación está compuesta por una combinación de empresarios, representantes del Ministerio del Ambiente y Energía (MINAE), líderes locales y científicos.